پس از طراحی دقیق و محاسبات انجام یافته نوبت اجرای کلین روم یا اتاق تمیز می باشد. در این مرحله نیروهای ماهر با رعایت کلیه اصول فنی لازم مطابق با نقشه های  طراحی شده اقدام به ایجاد کلین روم می نمایند.

ابتدا فاز اجرائی معماری را تقریبا تا 70 % پیش می برند و سپس به موازات ایتمهای برق و کنترل و نیز قسمتهائی از امور تاسیساتی را اجرا می کنند.  و با تکمیل پروز نسبت به اجرای فنیشینگ اقدام می نمایند. کلیه نصبیات و کنترلها  و نیز اجرای کف پوش یا اپوکسی کف در این مرحله صورت می گیرد.

در مرحله اجرا با هر اقدامی که صورت می گیرد واحد کنترل کیفی نسبت به بررسی و کنترل ایتم انجام یافته اقدام می کند و چنانکه اشکالاتی وجود داشته باشد دستور اصلاحی صادر می کند. سیل بندی دقیق پروژه و راعایت کلیه اصول  GMP سرلوحله کار می باشد.